Научное обоснование принципов и конкретных мер территориальной охраны природы является одной из приоритетных задач работы Полярно-альпийского ботанического сада-института. Специалисты ПАБСИ  обладают экспертизой в изучении и защите растений, включая виды, занесённые в Красную книгу. Обследование ООПТ позволяет выявлять и мониторить их состояние, разрабатывать меры охраны, тем самым способствуя  сохранению редких и исчезающих видов. В ПАБСИ накоплена обширная научная база для природоохранных решений — за десятилетия работы сотрудниками проведены исследования экосистем по всей территории области, собран богатый фактический материал, что помогает обосновывать создание новых ООПТ и оптимизировать управление существующими. Работа с ООПТ позволяет саду вовлекать общественность в охрану природы через образовательные программы и экотуризм, что способствует экопросвещению и устойчивому природопользованию. Кроме того, территория ПАБСИ также относится к ООПТ федерального значения, что делает ее модельным объектом для разработки охранных методик. Ботанический сад сотрудничает с государственными и международными организациями, выполняя стратегии по сохранению биоразнообразия.

Таким образом, работа с ООПТ позволяет ботаническому саду сочетать научные исследования, практическую охрану природы и экологическое просвещение, что соответствует его миссии и глобальным экологическим вызовам.