Гербарий ПАБСИ начал формироваться с первых лет работы ботанического сада. Официальной датой начала его работы является 1939 год. По количеству образцов гербарий ПАБСИ входит в двадцать крупнейших гербариев РФ, зарегистрированных в международной системе Index Herbariorum. Общий объем коллекции составляет около 150 000 образцов. Гербарий имеет международный акроним KPABG.
Основную часть коллекции составляют растения Мурманской области. Значительно число образцов печеночников различных регионов Евразии и Северной Америки, гербарий содержит крупнейшую в России коллекцию печеночников. В гербарии собраны большое число образцов мохообразных и лишайников Шпицбергена. Научные ценности Гербария ПАБСИ – это результат многолетнего коллективного труда, в богатейших коллекциях Гербария достоверно отражена более чем 70 летняя история развития растительного покрова Мурманской области. В Гербарии хранятся образцы из других регионов России и стран ближнего и дальнего Зарубежья (Карелия, Ленинградская область, Алтай, Кавказ, Камчатка, Полярный Урал, Таймыр, Дальний Восток, Шпицберген, Европа, США, Канада и др.).
С 2017 года гербарий ПАБСИ является Уникальной научной установкой, и включен в реестр УНУ.
В настоящий момент он включает несколько разделов в соответствии с группами организмов: гербарий сосудистых растений, лишайников, мохообразных, цианопрокариот. Образцы криптогамных организмов из Гербария ПАБСИ внесены в открытую и общедоступную информационную систему CRIS. И в обновленный вариант — информационную систему L.
В 2025 году началась формироваться иллюстрированный список образцов коллекции со сканами гербарных листов в разрешении до 600 dpi.
В отделе цианопрокариот насчитывается 2055 образцов, относящихся к 1155 видам. Коллекция лишайников включает 16110 гербарных образцов 1942 видов. Раздел, посвященный мохообразным, содержит 52685 образца 1079 видов печеночников и 1011 видов мхов. Гербарий сосудистых растений насчитывает около 73118 гербарных листов сосудистых растений.
Ежегодное пополнение гербария в последние 5 лет в среднем составляет около 3000 образцов, из которых около 900 образцов ежегодно поступает по обмену с преимущественно зарубежными гербариями. В гербарии ПАБСИ регулярно работают сотрудники из научных учреждений России (Владивостока, Москвы, Сургута, Сыктывкара, Пермского края, Барнаула, Петрозаводска, Санкт-Петербурга, Екатеринбурга, Мурманской области и др.), а также из-за рубежа.
Ценность коллекции определяется хранящимися в ней типовыми образцами. В гербарии ПАБСИ депонированы типы 48 таксонов сосудистых растений (87 гербарных листов), 175 типовых образцов (88 таксонов) печеночников (из них 27 голотипов, 52 изотипов, 64 паратипа), 6 типовых образца цианопрокариот 6 видов цианопрокариот (из них 6 голотипов), 8 таксонов лишайников. 2941 герарных образцов имеют молекулярно-генетичнеские данные, которые депонированы в GenBank.
Гербарные фонды имеют одно очень важное преимущество: они не устаревают, продолжают служить науке неограниченно долго и содержат в себе уникальную информацию.
Важнейшие коллекторы: